A műtét általában műtőhelyiségben zajlik. Ez a külvilágtól jól elszigetelt, állandó hőmérsékletű és páratartalmú, fertőtlenítőszerekkel jól kezelhető helyiség. Az elszigetelés zsilipeléssel megoldható, azaz a dolgozók átöltöző helyiségen keresztül mennek be, a beteg műtéti előkészítése pedig átfektető helyiségben történik, így a betegosztályon használt ruházat, ágynemű nem kerülhet be a műtőhelyiségbe. A műtőhelyiséghez kiegészítő helyiségek tartozhatnak: bemosakodó, munkaszobák, műszertárolók. A különösen kényes műtéteket steril levegővel átáramoltatott helyiségben végzik, szkafanderben.
A különböző műtétekhez a betegeket különböző helyzetben kell elhelyezni (fektetni), ezt teszi lehetővé a műtőasztal. A műtéti területet műtőlámpa világítja meg.